保育園に通っている３歳児。まだオムツが外れていません。

うんこが出るときは教えてくれ、おしっこはトイレに行けばするけど、嫌がるのですね。

幼稚園はみんなでトイレに行く時間があるので、出る出ないは関係なく、トイレの習慣が身につくと思います。
お家でも、時間やタイミング（ご飯の前、寝る前など）を決めて声がけをしてみてはどうでしょう。
無理をすることなく、トイレに行けたらたくさん褒めてあげてください。